El juego comienza con una cinemática mostrando al protagonista Jason Brody de vacaciones con sus amigos en Bangkok, donde deciden hacer un viaje de paracaidismo. El grupo aterriza en una isla infestada de piratas y son hechos prisioneros por su líder, Vaas Montenegro. Vaas planea extorsionar el dinero de rescate de sus padres, para luego venderlos como esclavos. Con la ayuda de su hermano mayor Grant, Jason sale de su cautiverio. Sin embargo, Grant muere junto con uno de los amigos de Jason, Vincent Salas, durante el escape. Jason es rescatado por un hombre llamado Dennis, quien forma parte de los Rakyat, los nativos de la isla Rook que sufren debido a las actividades de los piratas. Dennis reconoce el potencial de Jason como un guerrero, y le da tatuajes especiales (tatau) que le permiten acceder a sus habilidades. Impresionados con la destreza de Jason, los Rakyat le permiten ser el primer extranjero que entra a su templo sagrado, y su líder Citra (hermana de Vaas) lo inicia en la tribu.