El 25 de febrero de 1968, el agente y capitán Alex Mason de la SAD/SOG es atado a una silla en una sala de interrogatorios. Sin saber él mismo de su paradero, se le bombardea de preguntas por sus captores, los cuales no están a la vista, preguntando acerca de una estación de números. La mayoría de las misiones en el juego se presentan como flashbacks de Mason entre 1961 y 1968.